En la microbiótica del suelo se encuentran microorganismos buenos y malos. Mientras que los malos causan enfermedades, los buenos, por su parte activan las defensas. Con respecto a los cultivos, en general se busca la promoción del crecimiento de la planta, la eficiencia nutricional, la tolerancia al estrés abiótico y la resistencia a las enferdades.